İddianamede Ergenekon yapılanmasının yasadışı terör örgütleriyle irtibatı ilk iddianamenin sanıklarından olan Veli Küçük ve Ümit Oğuztan'da çıkan ‘Panzehir' adlı dokümana dayandırılıyor. Bu kısımda savcıların Ergenekon ile bağlantılı olduğunu söylediği ilk örgüt ise PKK. Buna göre PKK'nın tamamen tasfiye edilmesi yerine, PKK terör örgütü elebaşı Abdullah Öcalan ile işbirliği yapılıp bizzat Ergenekon içinde bulunan, kendilerini "genç subaylar" olarak tabir eden ve muhtemelen örgüt adına çeşitli askeri kurumlara sızmış örgüt üyelerinin, PKK'nın üst düzey yönetici kadrolarının yerlerine getirilmesinin öngörüldüğü kaydedildi. Ergenekon yapılanmasının amacının terörle mücadele değil, bizzat kendi kontrollerindeki terör örgütlerini kullanarak devlet otoritesini zaafa uğratıp kamu düzenini bozmak olduğu belirtildi. Buna dayanak olarak ise ilk davanın İşçi Partili sanıkları Doğu Perinçek ve Ferit İlsever'in PKK'nın kamplarında Öcalan ile çektirdikleri resimler ve uzun yıllar PKK'nın içinde bulunmuş gizli tanıkların anlatımları gösterildi. "TİT naylon terör örgütü" İddianamede TİT'le Ergenekon bağlantısının anlatıldığı bölümde ise "Değişik zamanlarda da olsa aynı amaç için organize edildiği sonucuna varılan TİT yapılanmaları, bu yapılanmaların gerçekleştirdikleri eylemler, ülkede kaos oluşturmaya yönelik suikast planları, TİT örgütü adına gerçekleştirmiş olduğu eylem dolayısıyla mahkûm olan ve halen Ergenekon üyesi olmak iddiası ile İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'nde yargılanan Semih Tufan Gülaltay'ın faaliyetlerinden de anlaşılacağı üzere, TİT yapılanmalarının Ergenekon belgesinde ifadesini bulan naylon terör örgütü niteliğinde olduğu kanaatine varılmıştır" denildi. İddianamede ayrıca MLKP'nin Ergenekon tarafından taşeron örgüt olarak kullanıldığı konusunda şüpheler bulunduğu ifade edildi. Yılmaz Çelik'in Türkiye sorumluluğuna gelmesinin ardından 2004'ten itibaren Hizb-ut Tahrir örgütünün strateji değişikliğine gittiği belirtilen iddianamede, örgüt tarafından, 2005 Eylül'ünde "Hilafetin Kaldırılışının Hicri yıldönümü" münasebetiyle İstanbul Fatih ve Ankara Hacıbayram camilerinde cuma namazı sonrası protesto gösterisi düzenlemesi eyleminin, örgütün başka güçlerce yönlendirildiğini gösterdiği belirtildi. Geniş olarak ise 2005 yılında Fatih Camii'nde cuma namazı çıkışında yaşanan olaylar anlatıldı. Fatih Cami avlusunda eylem yapan örgüt mensuplarından bazılarının telefon numaralarının, zanlılardan Kuddusi Okkır, Fikret Emek ve İsmail Yıldız'ın üzerinde çıktığı belirtildi. Önemli suikastlar İddianamede Ergenekon'un siyasi partileri yönlendirmeye çalıştığı da iddia edilerek, örgütün kendisi gibi düşünmeyen ya da örgütünün amaç ve hedefleri doğrultusunda çalışmayan siyasilerin ortadan kaldırılması gerektiğini düşündüğü, bunun için de suikast ve dezenformasyon yöntemlerini kullandığı da kaydedildi. Bunlara örnek olarak ise 29 Mayıs 1977'de dönemin CHP Genel Başkanı Bülent Ecevit'e Çiğli'de yaptığı seçim gezisinde, kimliği belirsiz kişilerce suikast girişiminde bulunulması, 19 Temmuz 1980'de eski başbakanlardan Nihat Erim'in İstanbul'da uğradığı saldırı sonucu öldürülmesi, 18 Haziran 1988'de dönemin Başbakanı Turgut Özal'ın partisinin olağan genel kongresinde silahlı saldırıya uğraması gösterildi. Değerlendirme bölümünde ise "Ergenekon soruşturması sırasında, örgütün siyasilere yönelik gerçekleştirdiği bir suikast ya da suikast girişimi olayı aydınlatılmış değildir, fakat Ergenekon dokümanındaki ifadelerden ülkemizde bugüne kadar meydana gelen bu olayların arkasında örgütün olduğu yönünde tereddütler oluşmuştur" denildi.