Yıllardır kulislerde konuşulan ve devletin uyuşturucu kaçırdığına yönelik iddialar da iddianameye yansıdı. Sanıklardan ATO Başkanı Sinan Aygün'ün bilgisayarında ele geçirilen bir değerlendirme yazısında, 5 Nisan krizinin yaşandığı günlerde, dönemin başbakanı Tansu Çiller'e Afganistan ve İran kaynaklı eroin geçişinin Türkiye üzerinden olması halinde, en az 20 milyar doların ülkeye gireceğinin Mehmet ... tarafından telkin edildiği, bu şekilde dışarıdan beş kuruş almadan krizin atlatılabileceği ifadeleri yer aldı. İddianamaye göre, yazıda şu ifadeler yer aldı: "Bu işte piyon olarak Mehmet ... tarafından Ömer Lütfi Topal'ın kullanıldığı, Topal'ın bu bağlantıları, ortağı olan Sami Hoştan vasıtası ile sağladığı..." Hurşit Tolon'da Büyükanıt'la ilgili özel dosyalar bulunmuşİddianamenin iki numaralı sanığı Hurşit Tolon'un ev ve ofisinde yapılan aramalarda çok sayıda fişleme dosyasının bulunduğu iddianamede yer aldı. Tolon'dan ele geçen CD'lerde, dönemin Genelkurmay Başkanı Yaşar Büyükanıt'ın ailevi ilişkileri, hesap hareketleri, sağlık raporları ve mal varlığıyla ilgili dosyalar bulunuyor. Tolon'un bilgisayarından ayrıca Cumhurbaşkanı Gül ile AKP'li tüm üst düzey isimler, bakanlar, 500'den fazla milletvekiliyle ilgili istihbari bilgilerin çıktığı belirtildi. CD'lerde ayrıca AKP hükümeti döneminde atanan üst düzey bürokratlardan, öğrenci yurtlarına, kabine üyelerinden, vali ve kaymakamlara kadar birçok fişleme dosyaları da yer alıyor. İddianamenin 5. bölümünde sanıkların eylemleriyle ilgili ayrıntılı bilgiler ve sanıklardan ele geçirilen belgeler anlatılıyor. Bu bölümde emekli Orgeneral Hurşit Tolon'un savcılık ve mahkeme ifadelerinin yanı sıra Tolon'dan ele geçirilen belgelere de yer veriliyor. Tolon'da bulunan dosyalardan bazıları şöyle: Büyükanıt'ın doktor raporları - Dönemin Genelkurmay Başkanı Yaşar Büyükanıt ve eşinin doktor raporları ve ilaç bilgilerinin bulunduğu 22 sayfalık belgenin fotokopisi - "Büyükanıt'ın Dostları" isimli, içerisinde çeşitli isimlerin yeraldığı belge fotokopisi - "Org. Büyükanıt" isimli klasörde Büyükanıt'la ilgili kişisel bilgiler, aile bilgileri, banka hesap bilgileri, bağlantılı olduğu kişiler, gayri menkulleriyle ilgili bilgiler, sağlık durumuyla ilgili bilgiler, ailesiyle ilgili yapılan soruşturma dosyalarıyla ilgili bilgileri içeren geniş kapsamlı araştırma dosyaları Arap alfabesiyle imza atanlar - RTÜK üyelerinin kişisel bilgilerinin, arşivlerinin yer aldığı belge fotokopisi - İçeriğinde milletvekilleri, parti başkanları, başkan yardımcıları ve birçok siyasiye ait özel bilgilerin yer aldığı 46 sayfalık belge fotokopisi - "İrtica eğilimli kaymakamlar" başlıklı, içeriğinde bazı kaymakamlarla ilgili bilgiler bulunan 10 sayfalık belge - "Kadrolaşma" başlıklı klasörde bakanlıklarda yapılan atamalar ve görevden almalarla ilgili 8 sayfalık bir dosya - "Çok önemli dosyalar" isimli bir klasörde bazı üst düzey bürokratların imzalarının Arap alfabesini kullanarak attıklarını içeren rapor.