Aygün'ün terör olaylarında kullanılması için 2.500.000 Euro fon oluşturduğu iddia ediliyor. İddianamede: "Yapılan aramada evinde kendisine ait kasada 2.5 milyon euro para bulunduğu şahsi parası olduğu beyanı üzere paraya savcılığımızın talimatıyla o an için el konulmadığı, şüpheli Sinan Aydın AYGÜN ün kendisini bir sivil toplum örgütü lideri olarak vasıflandırdığı. daha sonra MASAK mali suçları araştırma komiyonu tarafından yapılan incelemede şüpheli Sinan Aydın AYGÜN vermiş olduğu gelir vergileri mukayese edildiğinde açık bir orantısızlık bulunduğu ve böylesine büyük meblağdaki paranın kasada bulundurulması ticaret mantığı açısından karlı bir iş olmadığı bu sepeple bu paranın terörün finansmanında kullanılma şüphesi taşıdığnın belirtilmesi üzerine nöbetçi mahkemece paraya elkonulması kararı verildiği ve paraya el konulduğu, daha sonra şüpheli tarafından verilen gayri menkul teminatları karşılığında paranın kendisine iade edildiği, mevcut tutanak ve mahkeme kararlarından anlaşılmıştır. Şüphelinin ticaret yaptığını beyan etmesine rağmen parasını bankaya koymayıp evinde kasada saklaması, arama kararından sonra da parayı eşi'nin üzerine bankaya yatırması, paranın ERGENEKON SİLAHLI TERÖR ÖRGÜTÜNÜN faaliyetlerinin finansmanında kullanılmak üzere hazır bulundurduğu sonucuna ulaşılmıştır.. Paranın, elkonulmasını müteakip yatırıldığı bankaca aylık yaklaşık 10.000 euro faiz verilmesinden de bu paranın evin kasasında saklanmasının ticret yapan bir kişinin mantığıyla izahının mümkün bulunmadığı gibi Yapılan aramadan sonra paranın şüpheli Sinan Aydın AYGÜN eşi adına bankaya yatırılması da para hakkındaki şüphelerin artmasına sebep olmuştur. Elde edilen belgelerde şüphelinin örgütsel faaliyet içindeki derneklere yardım yaptığına ilişkin teşekkür mektupları ve yine yardım için şüpheli Sinan Aydın AYGÜN e gidileceğine dair mektuplardan şüpheli Sinan Aydın AYGÜN ün ERGENEKON SİLAHLI TERÖR ÖRGÜTÜNÜN finansman işlerine yardımcı olduğu, yöneticisi olduğu ATO tesislerini örgütün propagandası için düzenlenen panel ve konuşmalarda kullandırdığı, birçoğunu tanımadığını iddia ettiği yargılması devam eden örgüt üyelerinden İsmail YILDIZ, Ayşe Asuman ÖZDEMİR, Hayrettin ERTEKİN, Muammer KARABULUT, Kemal KERİNÇSİZ, Güler KÖMÜRCÜ, Hüseyin GÖRÜM Sevgi ERENEROL Veli Küçük Hayrullah Mahmut ÖZGÜR ve Bekir ÖZTÜRK ile örgütsel irtibatlarının tesipit edildiği, Kuvvai Milliye Derneği nin dernek bürosunun tutulmasından, dernek başkanı Bekir ÖZTÜRK ün tayin işinin yapılmasına kadar ilgilenip Abdüllatif ŞENER le görüşüp referans olduğu, önceki dosyamızda mevcut e mail görüşmelerinden anlaşılmıştır. Yine devam eden soruşturma dosyasından şüpheliler Ahmet Hurşit TOLON' İbrahim ÖZCAN, Durmuş Ali ÖZOĞLU, Hasan Atilla UĞUR, Mehmet Şener ERUYGUR, Levent Ersöz Vedat YENERER, Ufuk BÜYÜKÇELEBİ, Erol MÜTERCİMLER, Mustafa Ali BALBAY, Turan Çömez ve Levent TEMİZ, ile örgütsel irtibatlarının bulunduğu, bilgisayarında yapılan incelemelerde bu kişilerle MSN yoluyla birbirlerine mesajlar attıkları, yukarıda ayrıntıları bulunan E posta iletilerinde tamamen ERGENEKON SİLAHLI TERÖR ÖRGÜTÜNÜN amaçları doğrultusunda hazırlanmış yazıların kendi içlerinde birbirilerine gönderildiği,tespit edilmiştir. Sanık Orhan TUNÇ'u tanımadığını beyan ettiği halde Orhan TUNÇ' tarafından organize edilen BÜYÜK TÜRKİYE LOBİSİ çalışmalarını inkar etsede hem bilgisayarında Büyük Türkiye lobisiyle alakalı emailin çıkması hem de sanık Orhan TUNÇ'un şüpheli Sinan Aydın AYGÜN eşinin onuruna vereceği yemek organizesi demesi aralarında örgütsel ilişkinin varlığını göstermektedir. Şüpheli Sinan Aydın AYGÜN ün Kuvayı Milliye Derneği (1919)ne yardım ettiğini İbrahim Özcan görevlilere söylemiştir. Emekli Deniz Kuvvetleri Komutanı Oramiral Özden Örnek'in 2003-2005 yılları arasında yazmış olduğu, "anılar" adlı günlüğün yapılan incelenmesinde, 15. ve 342 sayfalarında şüpheli hakkında şu cümleler sarf edilmiştir 14:00 Am - 14:30 Am - ATO Başkanı Sinan Aygün'ün Ziyareti Sinan Aygün, ilginç kişiliği olan bir insan. Bizlere böyle devre devre gelir ve kendi görüşlerini anlatır. Bazen kendisinden iyi bilgiler alırız. Bu kez de biraz ileri giderek konuştu. Ülkenin her yönüyle elden gittiğini, TSK ne zaman bir şeyler yapacağını ve sesini çıkaracağını sordu. "Bütün halk ümidini size bağlamış ama sizden bir kıpırdanma gelmeyince herkesin morali bozuluyor"dedi. Kendisine "bizden önce kıpırdıyacak olan sivil kuruluşlardır. Herkes bileti TSK'ne kesmiş, kimse bir eylem yapmak teşebbüsünde bulunmuyor. Eğer kanaat ülkenin elden gittiği şeklinde ise önce sivil kuruluşlar kıpırdasınlar. Biz hiç birşey yapamayız " dedim. Bana " Bunlar iktidar olurken askerden çok korkuyorlardı ama artık askerden korkuları kalmadı, istediklerini yapıyorlar ve çekinmeden yapıyorlar hatta bir numara tamam ondan gerisini düşünmemek lazım diye de konuşuyorlar" dedi. Anlaşılan bu kez gelişi kışkırtmak için. Benden önce Hava Kuvvetleri Komutanına gittiğini söyledi, muhtemelen ona da aynı şekilde konuştu. "Göreceksinz Ali Osman Özmen davası içine Yaşar Paşa'yı da çekecekler. TSK'ni küçük düşürerek yoketmek hedefleri dedi. Sonra "ben tanımam ve eğer bir yolsuzluk yaptıysa cezasını çeksin ama bir eski deniz kuvvetleri komutanını böyle yargılamak hiç de TSK'ne yakışan bir hareket değil" dedi. Şeklindeki notlardan şüphelinin Ülkenin Her Yönüyle Elden Gittiğini söyleyerek açıkça askerin darbe yaparak yönetime el koyması için tahrik ettiği anlaşılmaktadır. Şüpheliler Ahmet Hurşit Tolonve Mehmet Şener ERUYGUR'da ele geçen Cumhuriyetçi Çalışma Grubu raporlarından "ELDİVEN" ve "DEMİR YUMRUK" başlıklı darbe çalışma slâytlarında hem şüpheli Sinan Aydın AYGÜN ün isimi hemde ATO olarak yararlanılabilecek kişi ve kurumlar arasında da ismi sayılmaktadır. Yine şüpheli Sinan Aydın AYGÜN'ün hem Kuvvai Milliye Derneği ile irtibatları hem örgüt içi konuşmalarda örgütün A TAKIMINI oluşturan kişilerden olduğunun belirtilmesi, hem de 2004 yılında Cumhuriyetçi Çalışma Grubu darbe çalışması faaliyetleri içinde önemli yer tutan ve birçok kuvvet komutanı ve ordu komutanının resmi kıyafetlerle katıldığı 3 mart 2004 tarihli "darbe öncesi gözdağı verme provası" olarak değerlendirilen toplantıya ev sahipliğiyapması, diğer delillerle ve özellikle de mevcut telefon görüşmelerinde ifade edildiği üzere şüphelinin, kendisinin başkanı bulunduğu kuruluşun üyeleri ile özellikle irtibat halinde bulunduğu kitlelere askeri müdahalenin gerekliliği hususunda telkin ve kışkırtmalarda bulunduğu bu hususun Özden Örnek'e ait günlüklerde de yer aldığı, ayrıca "kriz ortamı oluşacak parti kapatılacak, ve yeni bir oluşuma gidilecek" varsayımlarıyla hareket ederek halkı hükümete karşı isyana tahrik ettiği ve yürütme organı yetkisini kullanan partiyi bölmek için değişik kişilerle kulis faaliyetleri yapması ile birlikte ele alındığında, Şüpheli Sinan Aydın Aygün'ün ERGENEKON SİLAHLI TERÖR ÖRGÜTÜ içinde üst düzey görevlerde faaliyet gösteren örgüt üyesi olduğu, yürütme organını devirmeye teşebbüs eylemlerine iştirak ettiği, halkı hükümete karşı isyana tahrik ettiği, Terör suçlarının işlenmesinde kulanılmak üzere 2.500.000 Euro fon sağladığı, ve evinde bu amaçla sakladığı, 3713 sayılı kanunun 8/1 mddesi gereğince fon kullanılmamış olsa bile cezalandırılması ve gerekçe ile zor alımının gerektiği anlaşılmış olmakla, belirtilen eylemleri gereğince TCK'nun 311/1, 312/1 313/1 314/2, 3713 sayılı Kanunun 8/1(2.cümle), 5, TCK'nun 53,55/1, 58/9, 63 maddeleri gereğince cezalandırılması talep edilmiştir. " deniliyor.